Johans Anteckningar

2025-02-01-0035-UTD

UppgiftStatusPoängMaxFrågetyp
1Delvis rätt0/22Flersvarsfråga
2Delvis rätt0/22Flersvarsfråga
3Besvarad1/44Essä
7Besvarad3/44Essä
8Besvarad2/44Essä
10Delvis rätt0/22Flersvarsfråga
12Delvis rätt0/22Flersvarsfråga
14Besvarad3/44Essä
16Besvarad3/44Essä
17Besvarad1/44Essä
18Besvarad2/44Essä
20Besvarad3/44Essä
23Besvarad3/44Essä
24Besvarad3.5/44Essä
26Besvarad1/44Essä
28Besvarad1.5/44Essä
30Delvis rätt0/22Flersvarsfråga
33Besvarad1/44Essä

LPG001 Biokemi med skannat papper – Omtentamen

Kandidat 0035-UTD oai_citation:0‡2025-02-01-0035-UTD.pdf

1. Vätebindningar – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två påståenden om vätebindningar är korrekta? (2p)

  • De stabiliserar primärstrukturen hos proteiner.
  • De bildas mellan dipoler.
  • Ju rakare bindning, desto svagare.
  • Acceptoratomerna har hög elektronegativet.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

2. Proteinveckning – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två av nedanstående påstående stämmer för proteinveckning? (2p)

  • Den är reversibel.
  • Det är en ofördelaktig process.
  • Den börjar på lokal nivå.
  • En aminosyrasekvens veckas alltid till samma struktur.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

3. Alfahelix och hårnålsböj

Uppgift
Ange två likheter och två skillnader mellan en alfahelix och en hårnålsböj (reverse turn). (4p)
Max 50 ord.

Svar

 
Alfahelixar har vätebindningar mellan var fjärde aminosyra, medan hårnålsböj har mellan var tredje.  
Båda är en typ av primärstruktur.  
Alfahelixar är ofta högervridna.  
 
Ord: 23

Totalpoäng: 4

4. Allosteriska regulatorer för hemoglobin

Uppgift
A) Name two allosteric regulators of oxygen binding to hemoglobin.
B) Explain an outcome for each regulator.
(Max 100 words.) Please answer this question in English. (4p)

Answer

 
a) O₂ and CO₂  
b)  
O₂:  
Hemoglobin has four subunits that bind to O₂ through cooperativity, meaning that if one subunit binds to an O₂, the other subunits' affinity for O₂ will increase, leading to all subunits binding to O₂. When O₂ binds, the state goes from T-state (deoxy; tense) to R-state (oxy; relaxed).  
 
CO₂:  
When CO₂ binds to hemoglobin, the hemoglobin's affinity to oxygen decreases, leading to a stabilization of the T-state instead.  
 
Ord: 74

Totalpoäng: 4

5. HIV-diagnostik med ELISA

Uppgift
Du jobbar på labb över sommaren och har fått in en patient som du misstänker är smittad av HIV. (4p) Max 200 ord. (Lista A–B i ditt svar nedan!)

A) Nämn en analysmetod som kan användas för att undersöka detta samt beskriv de olika stegen i metoden.
B) Vilken substans hos patienten undersöks med denna metod?

Svar

 
a) För att undersöka huruvida en patient är smittad av HIV eller inte, kan metoden indirekt ELISA användas. I denna metod har vi först en brunn med HIV-antigener. Prov från patienten tillsätts för att senare kunna se om dess antikroppar binder till antigenerna, och därefter sköljer vi för att undvika att oönskade substanser ska påverka resultatet. Senare tillsätts enzymbundna antikroppar till provet, och sedan sköljer vi igen. Efteråt tillsätts ett substrat som binder till enzymet. Om patienten har antikroppar, kommer patientens antikroppar ha bundit till antigenena och därmed kommer provet att färgas. Om patientens antikroppar inte binder, kommer vi inte få något färgämne, vilket tyder på att patienten inte har antikropparna och har därmed inte HIV.  
 
b) antikroppar  
 
Ord: 118

Totalpoäng: 4

6. Glykolipid i cellmembran

Uppgift
Du gör forskar-ST inom infektionsmedicin och studerar hur Helicobacter pylori binder till glykolipider. Du ritar upp en glykolipid i cellmembranet och markerar hur den del som sitter på utsidan är den bakterierna binder till. Principiell struktur räcker. (4p)

Svar

 
.  
 
*Ritning:* På ritningen (sida 11) visas ett cellmembran med glykolipider: hydrofila huvuden utåt, hydofoba fettsyrasvansar i membranet och en kolhydrat kopplad via glycerol (kommentar: ”kan också vara sfingosin”).  
 
*Lärarens kommentar:* Det absolut vanligaste är att glykolipider har sfingosin som bas och inte glycerol, och när man säger glykolipid utan att specificera mer så menar man nästan alltid de med sfingosin som bas.  
 
Ord (textsvar): 1

Totalpoäng: 4

7. Glykogen vs stärkelse

Uppgift
Glukos lagras hos människan i form av glykogen. Hos växter lagras glukos som stärkelse. Beskriv skillnader och likheter mellan glykogen och stärkelse. (4p)

Svar

 
Båda är långa kedjor av kolhydrater. Skillnaden är dock att glykogen består av förgrenade kedjor där vi har 1,4-glykosidbindningar mellan linjära delar, och 1,6-glykosidbindningar mellan förgreningar. Stärkelse är en enda linjär kedja som inte förgrenas.  
 
Ord: 35

Totalpoäng: 4

8. Ribo- vs deoxyribonukleotider

Uppgift
Nukleotider är de byggstenar som bygger upp både DNA och RNA. Vilken kemisk grupp finns i 2’-position hos ribonukleotider, och hur skiljer sig denna från deoxyribonukleotider? (4p)

Svar

 
I ribonukleotider finns en OH-grupp på 2'-kolet, vilket inte finns på deoxyribonukleotider då dessa inte är bundna till något på 2'-kolet.  
 
Ord: 21

Totalpoäng: 4

9. Eukaryot DNA-replikation – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två påståenden om eukaryot DNA-replikation är korrekta? (2p)

  • ORC binder till replikationsorigin under hela cellcykeln.
  • DNA-syntes initieras i M-fas.
  • CMG-komplexet bildas genom bindning av MCM, GINS och Cdc45.
  • MCM-helikaset är aktivt under hela cellcykeln.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

10. Kromatin – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två påståenden om kromatin är korrekta? (2p)

  • Histon H1 binder linker-DNA och stabiliserar nukleosomen.
  • Kromatin består endast av DNA.
  • Acetylering av histoner leder till en mer kondenserad kromatinstruktur.
  • Kromatin finns endast i eukaryota celler.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

11. Telomeras och kromosomernas integritet

Uppgift
Telomeras är ett enzym som spelar en viktig roll i bevarandet av kromosomernas integritet under DNA-replikation. Vad gör telomeras, och varför är det viktigt för celler som delar sig ofta, som stamceller och könsceller? (4p)

Svar

 
Vid replikation av DNA har vi en ledande sträng som syntetiseras kontinuerligt, och en lagging sträng som syntetiseras i olika fragment kallade Okazakifragment. Då replikationen sker i 5'- till 3'-riktning, måste Okazakifragmenten ha olika RNA-primers som de startar vid. Just här uppstår ett problem, då vi inte kan lägga till primers på ändarna, så lagging strand kommer inte kunna syntetisera där. I normala fall leder detta till att DNA förkortas efter varje replikation. Men i celler som stamceller och cancerceller kommer telomeraset att ha med sig en egen RNA-mall och utför omvänd transkriptas, det vill säga att göra RNA till DNA. Så telomeraset kommer att förlänga ändarna med en repeterande sekvens. Det som händer då är att vid nästa replikation kommer DNA att förkortas vid de sekvenserna som lades till av telomeraset, men ingen viktig information kommer att tas bort. Detta utnyttjas av stamceller och cancerceller för att cellerna ska kunna dela sig utan att dö eller tappa viktiga gener.  
 
Ord: 159

Totalpoäng: 4

12. RNA-splicing – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två påståenden om RNA-splicing är korrekta? (2p)

  • Spliceosomen består av både RNA och proteiner.
  • Splicingprocessen sker i cellens cytoplasma.
  • Splicing sker endast i prokaryoter.
  • En lariatstruktur bildas.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

13. Allolaktos och lac-operonet

Uppgift
Lac-operonet reglerar nedbrytningen av laktos i bakterier. Vilken roll spelar allolaktos vid lac-operonet, och hur påverkar detta transkriptionen av generna som är inblandade i laktosmetabolismen? (4p)

Svar

 
Allolaktos är en korepressor som binder till repressorn på lac-operonet vid närvaro av laktos. När allolaktos binder, kommer repressorn att flyttas och därmed kommer gener som kodar för enzymer som bryter ner laktos att kunna transkriberas.  
 
Ord: 36

Totalpoäng: 4

14. Aminoacyl-tRNA-syntetaser

Uppgift
Aminoacyl-tRNA synthetases have an activation site and an editing site. Account for their function in translation. (4p) Please answer this question in English.

Answer

 
The activation site of the Aminoacyl-tRNA synthetase is responsible for adding an amino acid to the tRNA that carries the right anticodon. The binding of the amino acid and tRNA is then controlled by the editing site. If the wrong amino acid is added, the binding between the amino acid and tRNA is cleaved, and a new amino acid gets added by the activation site to the tRNA.  
 
Ord: 68

Totalpoäng: 4

15. Evolutionens principer

Uppgift
Redogör för de två viktigaste principerna som förklarar hur nya egenskaper kan utvecklas i ett evolutionärt sammanhang samt hur de två principerna är beroende av varandra. (4p)

Svar

 
De två viktigaste principerna är variation och naturligt urval.  
I en population förekommer en genetisk variation mellan individerna. Den genetiska variationen beror på mutationer bland annat. Alla individer har inte samma egenskaper och är därför olika anpassade efter miljön som dessa lever i. De individer som är bäst anpassade till miljön kommer ha en större chans att utnyttja resurserna och kunna överleva samt föröka sig och föra vidare sina gynnsamma gener. Detta i sin tur är kallat naturligt urval där miljön "selekterar" de bäst anpassade.  
Exempel på det är hur giraffens långa hals kan ha uppstått. I en giraffpopulation förekom en genetisk variation med giraffer som hade både korta och långa halser. I en miljö med korta träd kunde båda nyttjas, men i samband med att träden blev allt högre, kunde de som hade långt hals nå upp och utnyttja det. Dessa blev de bäst anpassade och därmed överförde vidare de gynnsamma generna, medan de som hade kort hals kunde inte utnyttja resurserna på samma sätt i just den specifika miljön.  
 
Ord: 171

Totalpoäng: 4

16. Transportprotein (bildfråga)

Uppgift
Proteinet på bilden utför transport.
A) Vilken klass av transportörer tillhör proteinet?
B) Var i cellen finns proteinet?
C) Vad driver transporten?
(4p) Max 40 ord.

Svar

 
a) Uniport  
b) Cellmembranet  
c) ATP  
 
Ord: 6

Totalpoäng: 4

17. Perifera membranproteiner

Uppgift
Perifera membranproteiner kan vara bundna till cellmembranet på flera olika sätt. Beskriv tre olika varianter. (4p)

Svar

 
Genom GPI-ankare  
Genom glykolipider  
 
Ord: 4

Totalpoäng: 4

18. Entalpi

Uppgift
Redogör för begreppet entalpi. Vilka termer/aspekter ingår och hur kan man använda entalpiförändringar för att förutse benägenheten för en viss biokemisk reaktion att ske? (4p)

Svar

 
Entalpi är skillnaden mellan produkternas och reaktanternas energi i en reaktion. Om entalpivärdet är positivt, innebär det att reaktionen kommer kräva energitillförsel, då produkterna kommer ha högre energi än reaktanterna. Om entalpivärdet är negativt innebär det att reaktionen kan ske spontant då det frigörs energi och det är därmed fördelaktig.  
 
Ord: 50

Totalpoäng: 4

19. Initialhastighet – flervalsfråga

Uppgift
Fördelen med att mäta den initiala hastigheten V i början av en reaktion är att (välj två av nedanstående): (2p)

  • Förändringar i [S] är försumbara, så [S] kan behandlas som en konstant.
  • Produktinhibering kan då inte påverka hastigheten.
  • Förändringar i Km är försumbara, så Km kan behandlas som en konstant.
  • Variationer av [S] har ingen effekt på V₀.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

20. Katalytisk klyfta hos enzymer

Uppgift
Enzymer har ofta en katalytisk klyfta där den katalyserade reaktionen sker. Redogör för två olika kemiska fördelar med detta. (4p)

Svar

 
Den katalytiska klyftan har både liten storlek och en hydrofob miljö.  
Den lilla storleken är fördelaktig då denna ger den katalytiska klyftan en hög selektivitet. Den hydrofoba miljön utesluter vatten så det inte kan påverka katalysreaktionen.  
 
Ord: 36

Totalpoäng: 4

21. Molekyler med B-vitamin – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två av nedanstående molekyler innehåller delar från en B-vitamin? (2p)

  • Cyt c
  • ATP
  • CoA
  • NADH

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

22. Glykolysen – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två av nedanstående påståenden stämmer för glykolysen? (2p)

  • När glukos fosforyleras av hexokinas kan produkten enbart användas i glykolysen.
  • För varje glukosmolekyl bildas 4 ATP.
  • Den sker i cellens cytoplasma.
  • Den kräver syre.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

23. Hormonell reglering av glukosmetabolismen

Uppgift
Redogör för hur glukosmetabolismen regleras på hormonell nivå. (4p) Max 150 ord.

Svar

 
Glukagon aktiverar glukoneogenesen, det vill säga återbildning av glukos. Detta då glukagon aktiverar cAMP som fosforylerar PKA. PKA, i sin tur, fosforylerar Fosfofruktokinas 2 (PFK2) /fruktos-2,6-bisfosfatas (FBPase-2). Vid fosforylering kommer PFK2-delen att hämmas, samtidigt som FBPase-2-delen aktiveras. När FBPase-2 är aktivt, kommer fruktos-2,6-bisfosfat att brytas ner. Då fruktos-2,6-bisfosfat är en allosterisk regluator som aktiverar fosfofruktokinas 1 i glykolysen, kommer glykolysen att hämmas då f-2,6-bp kommer att brytas ned.  
Om insulin är dominerande, kommer det däremot signalera defosforylering som medför att PFK2 blir aktivt och bilda fruktos-2,6-bisfosfat som kan stimulera glykolysen.  
(Sen tror jag också att även glukokinas i levern regleras hormonellt där insulin aktiverar och glukagon hämmar)  
 
Ord: 107

Totalpoäng: 4

24. Glykogen i lever vs skelettmuskel

Uppgift
Hur skiljer sig glykogenets huvudsakliga funktion i levern från dess funktion i skelettmuskulaturen? Vilket enzym är avgörande för denna skillnad och i vilken av vävnaderna uttrycks det? (4p) Max 50 ord.

Svar

 
Glykogenet i levern utnyttjas för att reglera blodglukosnivån mellan måltider, medan i skelettmusklerna fungerar det som energilager för själva muskeln.  
Detta då levern har enzymet glukos-6-fosfatas som kan defosforylera glukos-6-fosfat till glukos, medan skelettmusklerna saknar det enzymet.  
 
Ord: 37

Totalpoäng: 4

25. Dehydrogenaser i citronsyracykeln

Uppgift
I citronsyracykeln deltar fyra dehydrogenaser.
A) Vad gör ett dehydrogenas?
B) Vilka två av de fyra dehydrogenaserna utför också en annan gemensam reaktion?
C) Vilken är den andra gemensamma reaktionen?
(4p) Max 30 ord.

Svar

 
a) Tar bort väte  
b) Isocitratdehydrogenas och alfa-ketoglutaratdehydrogenas  
c) Dekarboxylering; frigör CO₂  
 
Ord: 12

Totalpoäng: 4

26. Reglering av acetyl-CoA-karboxylas

Uppgift
Beskriv hur acetyl-CoA karboxylas regleras. (4p)

Svar

 
Insulin stimulerar enzymet medan glukagon hämmar.  
Enzymet är aktivt i dess defosforylerade form, och insulin stimulerar defosforylering.  
Acetyl-CoA-karboxylas fosforyleras när glukagon är dominerande, och därmed hämmas enzymet av glukagon.  
Feedforwardreglering av pyruvat där höga mängder pyruvat hämmar och låga mängder stimulerar.  
 
Ord: 41

Totalpoäng: 4

27. Andningskedjan – redoxpotential – drag-och-släpp

Uppgift
Rangordna nedanstående komponenter i andningskedjan från lägst till högst redoxpotential. (2p)

Börja med lägst redoxpotential:

  • NADH
  • FADH₂
  • cytokrom c
  • O₂

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; dra-och-släpp)*

Totalpoäng: 2

28. Protoner och ATP-syntas

Uppgift
Redogör för ett skäl till att man inte kan säga exakt hur många protoner som behöver förflyttas över mitokondriens inre membran för varje ATP som bildas av ATP-syntaset. Förklara också hur protonerna förflyttas i ATP-syntaset. (4p) Max 80 ord.

Svar

 
Det beror på mängden syre som är tillgängligt, då ATP-syntes sker genom oxidativ fosforylering vilket kräver syre.  
H⁺ kommer att interagera med aminosyrorna i C-subenheterna vilket medför en konformationsändring i gamma-stjälken som håller ihop F₁ och F₀. Stjälken kommer att rotera och släppa igenom H⁺.  
 
Ord: 45

Totalpoäng: 4

29. Ureacykeln – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två av följande påståenden relaterade till ureacykeln är korrekta? (2p)

  • Nedsatt funktion av enzymer som verkar i ureacykeln leder till förhöjda plasmanivåer av ammoniak.
  • Ureacykeln sker i ibland i muskel när denna vävnad använder sig av aminosyror som energikälla.
  • De två kväveatomer som slutligen hamnar i urea har förts in i ureacykeln via karbamoylfosfat och aspartat.
  • Ureacykelns huvudsakliga funktion är att omvandla urea, som bildas vid nedbrytning av tex aminosyror, till ammoniak som kan utsöndras med urinen.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

30. Aminosyrametabolism – flervalsfråga

Uppgift
Vilka två av följande påståenden relaterade till aminosyrametabolism är korrekta? (2p)

  • Glutamat och serin utgör de två viktigaste transportformerna av kväve från extrahepatiska vävnader till levern.
  • Vid nedbrytning av flera olika aminosyror hamnar deras aminogrupper i glutamat, som i sin tur är molekylen som kan avge aminogruppen som ammoniak i levercellernas mitokondrier.
  • Rent ketogena aminosyror kan omvandlas till oxaloacetat.
  • Vid leverskada ses oftast förhöjda plasmanivåer av två aminotransferaser, alaninaminotransferas och aspartataminotransferas.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

31. Nukleosid och nedbrytning

Uppgift
Namnge en nukleosid och ange i vilken molekyl merparten av nukleosidens kväveatomer hamnar när den bryts ned. Molekylen utsöndras slutligen med urinen. (2p) Max 10 ord.

Svar

 
Adenosin. Hamnar i Urat  
 
Ord: 4

Totalpoäng: 2

32. Pentosfosfatvägen – integrerade vägar

Uppgift
Nämn två metabola vägar som är integrerade med pentosfosfatvägen eftersom de sker i samma del av cellen och har gemensamma intermediärer. (2p) Max 10 ord.

Svar

 
Glykolysen och glukoneogenesen  
 
Ord: 3

Totalpoäng: 2

33. Reglering av intracellulärt kolesterol

Uppgift
Beskriv två huvudsakliga och principiellt olika sätt, på vilka cellen reglerar mängden fritt intracellulärt kolesterol. (4p)

Svar

 
Kolesterolhalten intracellulärt kan regleras genom bl.a. intag från ECM om kolesterolhalten är låg, eller utsläpp till ECM om kolesterolhalten är hög intracellulärt.  
Kolesterol kan även förestras.  
 
Ord: 26

Totalpoäng: 4

34. Hb-värden och normalfördelning – flervalsfråga

Uppgift
Du arbetar som läkare och följer upp hemoglobin (Hb) hos 200 patienter behandlade för järnbrist. Hb följer en normalfördelning med medelvärde 130 g/L och standardavvikelse 10 g/L.
Vilka två av följande påståenden är korrekta? (2p)

  • Cirka 68% av patienterna har ett Hb mellan 120 och 140 g/L.
  • Standardavvikelsen beskriver hur spridda Hb-värdena är kring medelvärdet.
  • Cirka 99% av patienterna har ett Hb under 120 g/L.
  • Cirka 95% av patienterna har ett Hb mellan 100 och 200 g/L.

Svar

 
*(svar markerat i tentamen; flersvarsfråga)*

Totalpoäng: 2

35. Plasmidkonformationer och gelelektrofores

Uppgift
Explain how gel electrophoresis can be used to analyze different conformations of plasmid DNA. Discuss how the migration patterns of these conformations differ and how comparing them with the ladder (marker) helps interpreting the gel results and understand the structure of the plasmid DNA. (4p) Max 150 words. Answer in English.

Answer

 
The electrophoresis has two differently charged ends, one positive and one negative. The plasmids get injected into the gel electrophoresis in a well from the negatively charged end. When we then give it a current, the plasmids will travel to the positive end (because DNA is negative). The bigger the plasmid is, the further it will travel, because it has more negative charges than a small one. Supercoiled and circular DNA will meet different amount of friction, since they have different forms, which will result in one traveling further than the other even though they have the same size.  
The marker will help identify how many base pairs the plasmid have. But if we analyze two of the same plasmids and they travel different distances, then it means that they have different conformations where one is supercoiled and the other is circular. The circular meets more friction.  
 
Ord: 147

Totalpoäng: 4