Uppgift
Chymotrypsin är ett enzym som använder kovalent katalys, vilken lämnar en kovalent bunden polypeptid till ett serin i enzymet efter att peptidbindningen har spjälkats. Redogör för den kemiska mekanism med vilken enzymet regenereras. (4p)
Svar
Brevid serinet finns histidin, som en del av den katalytiska triaden (med bredvid menas endast i den katalytiska triaden, eftersom i primärstrukturen ligger serin och histidin inte brevid varandra). När en vattenmolekyl kommer in i den katalytiska klyftan så kommer histidinet att ta upp ett väte från vattenmolekylen, vilket aktiverar syremolekylen i vattnet. Syremolekylen utför en nukleofil attack på bindningen mellan serin och polypeptiden, och syret från vattnet binder till polypeptiden istället för serin. Detta gör att peptiden och OH-gruppen från vattnet lämnar den katalytiska klyftan, och att histidin donerar sitt väte som den tog från vattnet till serinet så att serin återgår till att ha en OH-grupp i sin sidokedja så att enzymet regenereras till sin ursprungsform.
Totalpoäng: 4