Vad är en hydropatiplot och vad ger den information om? (4p)
Svar
En hydropatiplot kan ge information om det är sannolikt att en viss sekvens är en transmembran alfahelix och hur många alfahelixar det kan motsvara.
En hydropatiplot kan skapas genom att undersöka en aminosyrasekvens från N- till C-terminal i intervaller om 20 (aminosyra 1–20, 2–21, 3–22 osv.).
Detta beror på att det krävs 20 aminosyror för att gå genom cellmembranet.
Man tittar på den energimässiga kostnaden för att flytta respektive aminosyra från en hydrofob till hydrofil miljö.
Värdena plottas i en graf där energinivån är på y-axeln och intervallerna är på x-axeln.
Man sätter gränsvärdet på 84 kJ/mol (kommer från transmembrana alfahelixar med känd struktur).
Om en graf går över gränsvärdet en gång är det sannolikt en transmembran alfahelix.
Om den går ovanför gränsvärdet flera gånger tyder det på flera transmembrana alfahelixar.