1. Hur ser en transkriptionsbubbla ut?
Ett lokalt uppsmält DNA-område (~12–17 bp) där strängarna separeras så RNA-polymeras kan läsa templatsträngen.
2. Vilka tre typer av RNA-polymeraser finns i kärnan och vilka gener transkriberar de?
RNA-pol I: rRNA (28S, 18S, 5.8S).
RNA-pol II: mRNA och vissa snRNA.
RNA-pol III: tRNA, 5S rRNA och små RNA.
3. Vad är alfa-amanitin?
Ett toxin från flugsvamp som hämmar RNA-polymeras II (och svagt III).
TATA-box, Inr (initiator), BRE och ibland CAAT- och GC-boxar.
5. Hur bildas preinitieringskomplexet?
Generella transkriptionsfaktorer och RNA-pol II binds stegvis till promotorn.
6. Vilka aktiviteter hos TFIIH startar transkriptionen?
Helikasaktivitet som öppnar DNA och kinasaktivitet som fosforylerar CTD.
7. Vilken roll spelar CTD vid transkription och mRNA-processning?
CTD fosforyleras och rekryterar faktorer för capping, splicing och polyadenylering.
8. Hur processas den primära RNA-molekylen till moget mRNA?
5’-capping, borttagning av introner (splicing) och poly(A)-svans.
9. Vad är en 5’-cap och vilken funktion har den?
En 7-metylguanosin-kap som skyddar mRNA, krävs för export och translation.
10. Vad är en poly(A)-svans och vilken funktion har den?
En kedja av adenosiner som sätts på posttranskriptionellt; ökar stabilitet och translation.
11. Vad är intron och exon?
Introner är icke-kodande sekvenser som tas bort; exoner är sekvenser som ingår i moget mRNA.
12. Beskriv de grundläggande stegen vid splicing!
Spliceosomen klipper vid 5’-splice site, bildar lariat, klipper 3’-splice site och ligerar exoner.
13. Vad är alternativ splicing och dess betydelse?
Olika kombinationer av exoner ger flera proteiner från samma gen och ökar proteomets komplexitet.