RNA-syntes och processning
Basala mekanisser vid transkription
- Initiering
- Elongering
- Terminering
Tre huvudsakliga RNA-polymeraser
- RNA-pol I
- RNA-pol II
- RNA-pol III
- Specialiserade: snRNA-polymeras, mitokondriellt RNA-polymeras
Översikt – bakterier
- Bakterier saknar cellkärna → transkription och translation sker samtidigt
Ribosomen
- Ca 2/3 rRNA
- rRNA har central katalytisk roll
- Lilla subenheten: proteiner + 16S rRNA
α-Amanitin
- Från lömsk flugsvamp (södra/mellersta Sverige)
- Hämmar RNA-pol II
- Latent fas 6–24 h → leverskada + njurskada
- Symptom senare: kräkningar, blodiga diarréer
- Dödsfall framförallt i södra Europa
Protein-kodande DNA
- Endast liten del av genomet kodar för proteiner
RNA-pol II-promotorn
Promotorelement
- TATA-box (−25 till −30)
- Initiator-element (Inr) vid TSS
- Konsensus: (C/T)(C/T)AN(A/T)(C/T)(C/T)
- Enhancers
- Kan ligga >1000 bp bort
Basala transkriptionsfaktorer
RNA-pol II behöver:
- TFIIA
- TFIIB
- TFIID (innehåller TBP + TAFs)
- TFIIE
- TFIIF
- TFIIH (helikas + kinas)
TBP och TFIID
- TBP binder TATA-box → böjer DNA ~90°
- TBP ingår i TFIID
Preinitieringskomplex (PIC)
- TFIID binder TATA + Inr
- TFIIA binder
- TFIIB binder
- RNA-pol II + TFIIF ansluter
- TFIIH och TFIIE ansluter
TFIIH
- Helikas → smälter promotor-DNA
- Kinas → fosforylerar CTD på RNA-pol II
CTD – C-terminala domänen
- Repeatrad: Tyr-Ser-Pro-Thr-Ser-Pro-Ser × 52
- Ofosforylerad → binder PIC
- Fosforylerad → startar transkription
- Defosforyleras efter terminering
RNA-processning
Exon och intron
- Exon = del som behålls
- Intron = del som klipps bort
5’-Capping
- Guanin kopplas via 5’–5’-trifosfatbindning
- Sker efter ~25 nt
- Skyddar mot degradering
- Krävs för effektiv translation
Poly(A)-svansen
- 60–250 adenin
- Bestämmer mRNA-livslängd
- PABP stabiliserar och stimulerar translation
- Svansen förkortas → mRNA bryts ned
Closed-loop-struktur
- 5’-cap + Poly(A) + PABP
- Säkerställer att ribosomer arbetar på intakt mRNA
Splicing
- Exon behålls, intron tas bort
- Kräver splice-sites
- Punktmutation kan skapa nytt splice-site → exempel: talassemi
Spliceosomen
- snRNA + proteiner
- Utför splicing
Alternativ splicing
- Samma gen → många proteiner
- Innerörats hårceller: >500 mRNA-varianter (Ca²⁺-aktiverad K⁺-kanal)
- En gen kan ge två hormoner via alternativa splice-mönster